Το Μουσείο ιδρύθηκε το 1986 για να στεγάσει την ιδιωτική συλλογή αρχαιοτήτων της Ντόλλης και του Νικολάου Γουλανδρή. Αρχιτέκτονας του Μουσείου είναι ο Ιωάννης Βικέλας, ο οποίος χρησιμοποίησε ως βασικό υλικό το λευκό μάρμαρο. Στην είσοδο του κεντρικού κτηρίου, στο βάθος, βρίσκεται το πωλητήριο και το καφέ του Μουσείου. Έχουμε εισέλθει, πλέον, σε έναν πολύ φωτεινό και φιλόξενο χώρο. Το μουσείο φιλοξενεί μία από τις πιο ολοκληρωμένες ιδιωτικές συλλογές Κυκλαδικής Τέχνης στον κόσμο, με αντιπροσωπευτικά δείγματα των παγκοσμίως γνωστών μαρμάρινων ειδωλίων από τις Κυκλάδες. Στους τέσσερις ορόφους του κτηρίου εκτίθενται οι μόνιμες συλλογές που περιλαμβάνουν 3.000 αντικείμενα Κυκλαδικής, Αρχαίας Ελληνικής και Αρχαίας Κυπριακής Τέχνης, μαρτυρίες πολιτισμών που άνθισαν στο χώρο του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου από την 4η π.Χ. χιλιετία έως περίπου και τον 6ο μ.Χ. αιώνα. Σήμερα το Μουσείο, εκτός από το κεντρικό κτήριο, στεγάζεται σε δύο επιπλέον πτέρυγες: το Μέγαρο Σταθάτου και την πτέρυγα Ντόλλης Γουλανδρή, στην οδό Νεοφύτου Δούκα 2.