Λίγα χρόνια μετά τη ναυμαχία της Ναυπάκτου, η πόλη έγινε φωλιά πειρατών, ειδικά από τη Βόρεια Αφρική και το Αλγέρι, που μετέτρεψαν αυτό το λιμάνι σε βάση επιδρομών. Η δράση τους σύντομα εξάπλωσε την φήμη τους σε όλη την περιοχή και η Ναύπακτος έγινε γνωστή ως «Μικρό Αλγέρι» (ενώ το Οίτυλο στη Μάνη ήταν διάσημο ως το «Μεγάλο Αλγέρι»). Ο πιο επίφοβος πειρατής ήταν ο Ντουράτς Μπέη. Η μάνα του ήταν χριστιανή και ο πατέρας του μουσουλμάνος. Είχε στόλο από έντεκα πλοιάρια και έκανε επιδρομές στη Ζάκυνθο και τη Λευκάδα, από τα οποία απήγαγε εκατοντάδες νησιώτες και τους πουλούσε ως σκλάβους.