Οι καπναποθήκες δεν χρησίμευαν για την κοπή του καπνού ή την παραγωγή τσιγάρων και πούρων. Ήταν απλά ενδιάμεσοι σταθμοί στο μακρύ ταξίδι του καπνού από το χωράφι στα ευρωπαϊκά εργοστάσια όπου γινόταν η τελική επεξεργασία και η παραγωγή καταναλωτικών προϊόντων. Η καπναποθήκη Παπαπέτρου περιλαμβάνει χώρους αποθήκευσης για τα δεμάτια, που αγοράζονταν από τους καλλιεργητές, χώρους για την αξιολόγηση και διαλογή των φύλλων καπνού, δωμάτια όπου εξειδικευμένοι εργάτες διαχώριζαν τα φύλλα ανάλογα με την ποιότητά τους και τα ομαδοποιούσαν ανάλογα με την κατηγορία τους, χώρους συσκευασίας και γραφεία. Η διαλογή γινόταν στους ανώτερους ορόφους, όπου τα μεγάλα παράθυρα φώτιζαν τον χώρο, ενώ τα υπόγεια προορίζονταν για την αποθήκευση του καπνού.