Τον 13ο αι. εδώ βρίσκεται ο μητροπολιτικός ναός του Ταξιάρχη Μιχαήλ. Δύο αιώνες αργότερα έρχονται οι Τούρκοι με τη δική τους θρησκεία. Στην αρχή είναι διακριτικοί. Αφήνουν τους χριστιανούς να λατρεύουν τον Θεό τους και χτίζουν λίγο πιο πέρα ένα ξύλινο μετζίτ, δηλαδή τόπο προσευχής. Το 1611 όμως οι χριστιανοί εξεγείρονται χωρίς επιτυχία και χάνουν τα προνόμιά τους. Εκδιώκονται από το Κάστρο και ο ναός του Ταξιάρχη ερειπώνεται, ενώ το μετζίτ ανακατασκευάζεται σε σωστό τζαμί. Περίπου άλλους δύο αιώνες πιο μετά ο Αλή Πασάς το ανακαινίζει πλουσιοπάροχα, και ανακαλύπτει ερείπια του βυζαντινού ναού. Πιθανώς τα δύο κομμάτια μάρμαρο που είναι διακοσμημένα με λουλούδια και βρίσκονται τώρα στο μιχράμπ, δηλαδή την ημικυκλική κόγχη προσευχής, να προέρχονται από το τέμπλο του χριστιανικού ναού.