Στο πρυτανείο έκαιγε το άσβεστο πυρ και φυλάσσονταν οι αποφάσεις των αρχόντων και του συμβουλίου. Υπήρχαν έξι δωμάτια με εννέα ανάκλιντρα το καθένα για την παροχή δείπνου και ξενίας σε επίσημα πρόσωπα, επώνυμους άρχοντες, ξένους πρέσβεις και νικητές των Ναΐων. Εδώ ήταν επίσης το νομισματοκοπείο και το αρχείο της Δωδώνης. Το πρυτανείο είναι ένα κτίριο πολλαπλών χρήσεων που εκπροσωπούσε την εκτελεστική εξουσία των Ηπειρωτών. Μία μεγάλη στοά προστέθηκε μετά το 219 π.Χ. για την προστασία των επισκεπτών σε περίπτωση κακοκαιρίας. Τα βάθρα που βρίσκονται μπροστά από τη στοά ανήκουν κυρίως σε Ηπειρώτες στρατηγούς, τους οποίους τίμησαν με χάλκινους έφιππους ανδριάντες.