Πριν την οθωμανική κατάκτηση, στη νοτιοανατολική γωνιά του Κάστρου έχουν τα σπίτια τους οι άρχοντες των Ιωαννίνων. Εδώ είναι και ο μητροπολιτικός ναός, αφιερωμένος στον Ταξιάρχη Μιχαήλ. Οι Τούρκοι έφεραν τη δική τους θρησκεία. Στην αρχή είναι διακριτικοί και αφήνουν τους χριστιανούς να λατρεύουν τον Θεό τους. Οι ίδιοι χτίζουν το μετζήτ τους κάπου κοντά στο ναό. Το 1611, μετά τον άκαρπο ξεσηκωμό, οι χριστιανοί χάνουν τα προνόμιά τους και εκδιώκονται από το Κάστρο. Ο ναός ερειπώνεται και το τζαμί ξαναφτιάχνεται, πετρόκτιστο, μολυβδοσκέπαστο, με ψηλόλιγνο μιναρέ. Αργότερα, το ανακαινίζει ο Αλή Πασάς, για να το κάνει αντάξιο με το παλάτι του. Κατά τις εργασίες βρίσκει τα ερείπια του βυζαντινού ναού του Ταξιάρχη. Από το τέμπλο του ίσως προέρχονται τα δύο κομμάτια μάρμαρο, διακοσμημένα με λουλούδια, που βρήκαν νέα θέση στο μιχράμπ, την κόγχη προσευχής του Φετιχιέ τζαμί.